佛教在公元一世纪时，由于佛教徒对修行能达到何种果位的认识不一，形成大乘、小乘两大派别。大乘先传入我国，又分为三论宗、净土宗、律宗、法相宗、密宗、天台宗、华严宗。前五宗来自天竺（即今印度），后两宗为我国僧人所创。南北朝萧梁天监（公元502～519年）年间，南天竺僧人菩提达摩（Bodhi－dharma）来我国创立禅宗。从此，禅宗作为正宗在我国流传。达摩为中国禅宗初祖，达摩传慧可，慧可传僧璨，璨传道信，信传弘忍，忍传慧能为六祖。慧能与神秀同受弘忍五祖的法要，分成南北两宗，即宗教史上称“南能北秀”。神秀代表北宗，传两代而失传，慧能代表南宗，一直传到现在。慧能大师的法嗣颇多，宗支繁衍极盛。日后南宗分成南岳怀让、青源行思两系。南岳系又分为沩仰、临济两宗；青源系又分成曹洞、云门、法眼三宗。临济宗在石霜楚圆之后又衍出黄龙、杨歧两派。

峨眉山僧徒多是临济宗门人，曹洞宗次之。据《五灯会元》等书记载：唐文宗（公元827～840年在位）年间来峨眉山的昌福禅师（眉州人）、黄檗老人（福建人）、灵龛和尚（成都人）、黑水和尚（峨眉人），为峨眉山最早南岳临济宗门人。唐僖宗（公元874～888年在位）年间来的西禅和尚（嘉州人）、白水和尚（嘉州人）、澄照禅师（川西青城人）、布水岩和尚（益州人）、东汀和尚（嘉州人），则是青源系曹洞宗最早门人。他们来峨眉山后，修建寺庙，招收门人，代传相续，延流至今。

惜因史料奇缺，对禅灯流衍之具体史实，已难尽悉。现仅从“黑水祖堂”和“昌文修谱”的有关记载中略知其发展梗概。据《峨眉山志》载：“黑水寺，在对月峰，创自晋魏肇公（384～414）。唐僖宗问，高僧慧通住锡，道闻朝廷，敕建永明华藏寺（即黑水寺），弘建普贤（即万年寺）、延福（即牛心寺）、中峰、华严四刹。继席祖庭，位列传灯，承憬、义钦、黑水、昙振、洞溪、广悟。前后七代，悉宗风大振。故古今称‘峨眉祖堂’、‘水洞溪’，俱以山彰名也。”

又刘君泽《峨眉伽蓝记》中记：华严顶，雍正己酉（1729年）通融（慧先）老人所开建。卧云庵，见无禅师传临济三十四世，其数传之法嗣有昌文真秀者，具戒于峨眉灵觉堂，乾嘉之际监寺事，嘉庆甲戍（公元1814年）始修见无禅师以下谱系，令其徒孙能环，遍历四川二十多县，并及江苏、云南、贵州等省。普访稽考，迄至道光了未（公元 1847年）谱成，分写十八部分存本山永庆寺、华严顶及省内有关各寺庙。可惜该谱今已无从查得。

临济宗僧谱（字辈） ： 智慧清静，道德圆明。真如性海，寂照普通。心源广续，本觉昌隆。能仁圣果，常演宽宏。惟传法印，正悟会融。坚持戒定，永继祖宗。

曹洞宗僧谱： 广崇妙善，宏胜禧（后改为永）昌。继祖续宗，慧正维方。圆明净智，德行福祥；澄清觉海，了悟真常。

沩仰宗僧谱： 慧维妙真恒，心空悟上乘。续宗宏法远，万古耀莲灯。

此外，在金顶铜殿铜碑上铸有“峨眉山铜殿法派：普行澄清海，智镜常照明。闻思修心德，觉遍性圆融。”

1984年在洪椿坪出土的清人冯庆樾撰的《双百字联》石碑上刻有千佛禅林之号派“德先字正恒，定静精华灿。大海清奚纯，中诚观守善。金经广照深，法融涵空鉴。福缘满行成，西来昭普愿。”这些可能都是临济宗某岔宗的僧谱。

1990年3月《峨眉山佛教专辑??峨眉文史第六辑》记载有峨眉山寺庙宗教体系，截至公元1949年止（列为一行一组者较为亲近）。

临济正宗：

伏虎寺、龙凤庵、天台庵、无量殿、华严寺、慧灯寺、卧云庵；

大乘寺、白云寺、菩提庵；

报国寺、祖殿、太子坪、七天桥；

锡瓦殿、万佛顶、明月庵、天门石、观音阁、园觉寺；

千佛顶、圆通寺；

华严顶、遇仙寺、永庆寺、接引殿、祖师殿、沉香塔、普贤塔（和尚塔）；

净土寺（大坪）、雷音寺、善觉寺、龙升岗。

临济岔派：

洪椿坪、仙峰寺、清音阁、广福寺、牛心寺、会福寺、保宁寺（含仙峰庄）；

华藏寺、万行庄、冰雪庵、佛顶庵；

中峰寺、纯阳殿、西坡寺、莲花石、观音寺；

大峨寺、神水阁、雷洞坪、新开寺、新殿、息心所、回龙寺、桂香阁、高觉庵。

曹洞正宗：

上白龙洞（含下白龙洞）、极乐寺、大佛殿、毗卢殿（未改为什方丛林前）。

曹洞岔派：

砖殿、洗象池、初殿（含兴圣寺）、长老坪（含长寿寺）、圣积寺、蒲公庵、金龙寺；

慈圣庵、上中下三个海会寺、子龙庙、观音阁、观音寺。七庙当时无人住持，甚至无僧众长住。

观心坡不明宗派，传为明代传入的沩仰宗寺庙。

峨眉山寺庙在清光绪二十八年（公元 1902年）前全属子孙庙。是年全山佛教界协议，以万年寺之毗卢殿、峨眉东郊的大佛殿建立什方丛林，是为峨眉山什方丛林之始。民国8年（1919年），大佛殿方丈仁玉和尚，聚憎众300余人传戒授法。民国25年（1936年），大通禅师于毗卢殿传戒授法，受戒者计260余众。